ระบบนี้ยังโอนความมั่งคั่งให้กับชนชั้นล่างด้วย เนื่องจากนินจาได้รับค่าตอบแทนอย่างดีจากการทำงานของพวกเขา แน่นอนว่าศัตรูของซามูไรก็สามารถจ้างนินจาได้เช่นกัน และด้วยเหตุนี้ ซามูไรจึงต้องการ ดูหมิ่น และเกรงกลัวนินจา—ในระดับที่เท่าเทียมกัน นินจา ผู้สูงศักดิ์ หรือโจนิน ออกคำสั่งกับจูนิน (ชายกลาง) ซึ่งส่งต่อไปยังเกะนินหรือนินจาธรรมดา โชคไม่ดีที่ลำดับชั้นนี้ขึ้นอยู่กับชั้นเรียนที่นินจามาจากก่อนการฝึก   ความรู้ทั่วไปเรื่องนินจา  แต่ก็ไม่ใช่เรื่องแปลกที่นินจาผู้ชำนาญจะเลื่อนตำแหน่งให้สูงกว่าชนชั้นทางสังคมของเขาหรือเธอการขึ้นและลงของนินจา นินจาเข้ามาเป็นของตัวเองในช่วงยุคที่สับสนอลหม่านระหว่างปี 1336 ถึง 1600 ในบรรยากาศของสงครามที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง ทักษะของนินจาเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับทุกฝ่าย และพวกเขามีบทบาทสำคัญในสงครามนันบุคุโจ (ค.ศ. 1336–1392) สงครามโอนิน ( ทศวรรษที่ 1460) และ  ยุค เซ็นโงกุ จิไดหรือยุคแห่งสงคราม ซึ่งพวกเขาช่วยเหลือซามูไรในการแย่งชิงอำนาจภายใน