ถั่วแระญี่ปุ่นปรุงสุกหนึ่งถ้วยมีไขมัน 8 กรัม ซึ่งถือว่ามีไขมันต่ำ ในจำนวนนั้นจะมีไขมันอิ่มตัวเพียง 1 กรัม (คุณควรจำกัดการบริโภคไขมันอิ่มตัวให้ไม่เกินประมาณ 12 กรัมต่อวัน) ปริมาณไขมันที่เหลือในถั่วแระญี่ปุ่นส่วนใหญ่มาจากไขมันไม่อิ่มตัวเชิงเดี่ยวและไม่อิ่มตัวเชิงซ้อน ดี ถั่วแระญี่ปุ่น นึ่งหนึ่งถ้วยมีไขมันไม่อิ่มตัวเชิงซ้อน ประมาณ 3.4 กรัม ซึ่งส่วนใหญ่อยู่ในกรดไขมันจำเป็นโอเมก้า 6 ถั่วแระญี่ปุ่นยังมีกรดไขมันโอเมก้า 3 จำนวนเล็กน้อย ซึ่งเป็นไขมันไม่อิ่มตัวเชิงซ้อนอีกชนิดหนึ่ง ไขมันไม่อิ่มตัวเชิงซ้อนอาจช่วยลดคอเลสเตอรอลชนิด LDL ที่ ไม่ดี ได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อไขมันที่ดีต่อสุขภาพเหล่านี้มาแทนที่ไขมันอิ่มตัวหรือไขมันทรานส์ สิ่งนี้อาจนำไปสู่การลดความเสี่ยงต่อโรคหัวใจได้